Küdinghoven war im Mittelalter ein zentraler Kirchort, ein eigener Verwaltungsbezirk und Hochgericht. Die Honschaften Ramersdorf, Limperich, Ober- und Niederholtorf, Beuel und zur Hälfte Bechlinghoven gehörten zu Küdinghoven. Bis ins 13. Jahrhundert war die „Herrschaft Küdinghoven“ der Grafschaft Sayn angegliedert. Ab Mitte des 13. Jahrhunderts unterstand Küdinghoven durch Erbfolge der „Herrschaft Löwenberg“. Unter Napoleon wurden die beiden Kirchspiele Küdinghoven und Vilich im Jahr 1808 zusammengeführt. Auch in preußischer Zeit blieb dies bestehen, bis daraus die Gemeinde Beuel entstand, die 1952 Stadtrechte erhielt. Beuel selbst wurde mit Küdinghoven 1969 von der Stadt Bonn eingemeindet.

Durch den erforderlichen Kirchenneubau auf dem alten Friedhof entstand 1845/1847 der neue Kirchhof an dem direkt anschließenden Ennerthang. 1877 wurde dieser erweitert. 26 Grabkreuze, die aus der Zeit zwischen 1620 und 1787 stammen, wurden bei dem Neubau der Kirche abseits gelagert. Erst 1950 schuf man einen Grabkreuzgarten, auf dem sie neu aufgestellt wurden. Die mehrfache und unterschiedliche Terrassierung des Friedhofhanges mit altem Baumbestand macht das Gelände zu einer parkartigen Anlage. Das Wasserschöpfbecken auf einem Terrassenplateau schafft eine reizvolle Platzsituation.