Bereits für das erste Jahrtausend konnten bei Vilich eisenzeitliche Gräber und Einzelfunde nachgewiesen werden. Im Jahre 1905 wurde in Schwarzrheindorf nahe der Kirche ein fränkisches Gräberfeld aus dem 7. Jahrhundert entdeckt. Der Friedhof selbst ist einer der ältesten christlichen Begräbnisplätze im rechtsrheinischen Stadtgebiet von Bonn. Die Friedhofsanlage liegt auf dem früher deutlich sichtbareren Kirchberg und ist Bestandteil des Beringes des ehemaligen Benediktinerinnen-Klosters, des späteren Damenstifts Vilich und somit auf stiftischem Eigentum entstanden. Vilich war Mutterkirche für fünf andere Pfarreien und hatte den Kirchhof nachweislich an der alten Pfarrkirche.

Das Kloster wurde bereits um 978 errichtet. Daraufhin hat es zwei Kirchenbauten gegeben: sowohl die Stiftskirche als auch die alte Pfarrkirche, die 1144 erstmals urkundlich erwähnt wurde. Sie stürzte 1765 ein, als das Sieg-Hochwasser den Kirchberg unterspülte. Das Stift wurde 1803 aufgelöst. Die Steine der alten Pfarrkirche wurden für die Erweiterung der Stiftskirche verwendet. Die letzten Reste verschwanden erst 1812 im Zuge einer Versteigerung. Laut einer Karte aus dem Jahr 1703 dehnte sich der Friedhof Richtung Norden bis an die Uferböschung der Sieg aus, wo sich heute mehrere Schulgebäude befinden. Gen Osten erweiterte sich der Friedhof bis zum Burgweg, der heutigen Adelheidisstraße. Auf dem Friedhof wurden auch die Verstorbenen von Beuel und Combahn, Vilich-Rheindorf und Schwarzheindorf, Pützchen und Geislar bestattet, bis diese ab der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts im Zuge eigener Pfarrwerdung auch eigene Pfarrfriedhöfe anlegten. Die Klostermauer stammt im wesentlichen aus dem 12. Jahrhundert. Der Friedhof erhielt Ende des 19. Jahrhunderts zusätzlich eine eigene Mauer aus Feldbrandziegeln, in die die Grabkreuze des ehemaligen Pfarrkirchhofes eingelassen wurden. Heute sind noch 243 Grabkreuze aus dem 16. bis 18. Jahrhundert vorhanden, die z.T. sehr verwittert sind. Das älteste datierte Kreuz stammt von 1590.