Zwischen der Burg Rheindorf und der Margarethenkirche liegt der Friedhof Graurheindorf. Er wurde 1842 von der Zivilgemeinde Bonn errichtet, nachdem der Vorgänger, der die Hälfte des Margarethenplatzes umfasste und für 120 Personen angelegt war, zu klein wurde. Die Kirchengemeinde hatte mit der Stadt Bonn vertraglich festgelegt, dass der alte Friedhof in den Besitz der Kirchengemeinde übergeht. Im Tausch dafür erhielt die Stadt Bonn Land an der Kirchgasse.

Die Kapelle stammt aus den 1950er Jahren. In den 1980er Jahren ist der Friedhof dann um einen kleinen Teil erweitert worden. Bei diesem Friedhof fällt die klare Begrenzung von altem und neuem Teil auf. Der unter Denkmalschutz stehende alte Teil, ein kleines Quadrat in der Größe 50 x 50 m, befindet sich im vorderen rechten Viertel der Anlage. Er wird durch 14 rechteckige Sandsteinbildstöcke begrenzt, die Szenen aus der Leidensgeschichte Christi zeigen. Die Bildstöcke sind nummeriert und mit Inschriften zur Verdeutlichung der Darstellungen versehen. Die Namen der Stifter sind seitlich eingraviert.

Darüber hinaus gibt es ein Zentralkreuz im Mittelpunkt des alten Teiles, das ursprünglich vor der Kirche bzw. dem Zisterzienserkloster stand und auf den Friedhof transloziert wurde. Laut Inschrift wurde es 1746 von Bäckermeister Kutter und seiner Ehefrau gestiftet. Das Zentralkreuz beherbergt heute mehrere Priestergräber. Bildstöcke und Zentralkreuz zeugen von einem starken religiösen Bewusstsein, aber auch von einem gewissen Bedürfnis, der Nachwelt im Gedächtnis zu bleiben. Einige Grabstätten alteingesessener Familien gehören zum alten Teil des Friedhofes und weisen mit ihrer aufwendigeren Gestaltung auf den Wohlstand einiger Dorfbewohner hin.