Ursprünglich gab es bis 1845 einen Friedhof an der Endenicher Kirche, die von 1748 bis 1897 existierte. Ein Neubau ersetzte 1897 die alte Kirche. Nach mehrfachen Erweiterungen wurde die Friedhofsfläche zu klein. Daraufhin entstand der Friedhof an der heutigen Hainstraße. 1945 wurde der Friedhof in Richtung Lengsdorf erweitert. Der ursprüngliche Teil der Fläche steht unter Denkmalschutz.

Die moderne Anlage des 20. Jahrhunderts wird durch einen schönen alten Baumbestand geprägt. Im Eingangsbereich ist eine schlichte geklinkerte Trauerhalle aus den 1960er Jahren mit einem großzügigen Vorplatz zu finden. Dahinter erstreckt sich der formale Friedhof.

Sieben Wegekreuze des 17. und 18. Jahrhunderts sind vom ehemaligen Friedhof auf den neuen versetzt worden. Dazu gehören auch die Kreuze der damaligen Bewohner des Dorfes: der Mühlenpächter der Endenicher Mühle Johann und Tibis Müller (1620 und 1648), der Schultheiß (1672), Schöffe und Pächter des Probsthofes Wilhelmus Moll (1744). Das Hochkreuz von 1763 auf dem Friedhof trägt das Wappen der Familie Lapp-Canto, die zeitweise die Endenicher Burg besaß, ein kurkölnischer Rittersitz. Der spätere Eigentümer im 19. Jahrhundert war die Familie von Hymmen, die auch auf dem Endenicher Friedhof beige- setzt ist. Weiterhin ist einer der reichsten Männer des 19. Jahrhunderts im Bonner Land auf dem Friedhof bestattet: Carl Baunscheidt, ein Naturheilpraktiker, dem zeitweise die Burg Dottendorf gehörte, die er zugunsten eines Villenneubaus abreißen ließ. Darüber hinaus sind die ehemaligen Pfarrer der Gemeinde auf dem Friedhof beigesetzt.