1210 begann der Bau der Godesburg, der Kölner Erzbischof Dietrich I. von Hengebach legte den Grundstein. Die großzügige Festung war bald einer der bevorzugten Sitze der Kölner Kurfürsten. Zerstört wurde die Godesburg 1583 im Truchsessischen Krieg. Erzbischof Gebhard Truchsess zu Waldenburg war zum protestantischen Glauben übergetreten und vom Papst abgesetzt worden. Der Nachfolger Ernst von Bayern versuchte sich mit Hilfe von Truppen Zutritt zu seinem neuen Territorium zu verschaffen. 1500 Pfund Pulver ließen von der Burganlage nur Reste und den Bergfried übrig. 1891 schenkte Kaiser Wilhelm II. die Ruine der Gemeinde Godesberg, die 1896 eine Gaststätte im historisierenden Stil einrichtete. 1960 entstand nach den Plänen von Gottfried Böhm ein Hotel und das heute noch bestehende Restaurant. 2006 sanierte die Stadt Bonn den Bergfried, eine kleine Dauerausstellung informiert über die Geschichte der Burg.

Im April 2010 wurde durch den Bad Godesberger Heimatverein ein Bronzemodell der Godesburg übergeben, das vom Bildhauer Friedemann Sander gefertigt worden ist.

Von Mitte September 2012 an wurde der Bergfried erneut saniert. Bei der Sanierung wurden alte Zementfugen am Turm entfernt und anschließend neu verfugt. An Natursteinen und bauzeitlichen Fugen ist partiell Ausbesserungsmörtel zum Einsatz gekommen. Mauerwerksanker wurden zur Fixierung gelöster Mauerschalen eingebaut, und die Fassade abschließend gereinigt. Für die Sanierung des Bergfrieds der Godesburg wurden 1,2 Millionen Euro veranschlagt. Bund und Land bezuschussten das Projekt mit 700.000 Euro.