Το 1597, ο Βίτελσμπαχ Έρνεστ της Βαυαρίας ονόμασε επίσημα τη Βόννη πρωτεύουσα και κατοικία της εκλεκτής Κολωνίας. Αφού η κατοικία καταστράφηκε σε μεγάλο βαθμό κατά τη διάρκεια της πολιορκίας της Βόννης σχεδόν έναν αιώνα αργότερα, ο εκλέκτορας Joseph Clemens της Βαυαρίας έθεσε τα θεμέλια για ένα μεγάλο νέο τετράπλευρο κτίριο. Το αποτέλεσμα ήταν ένα υπέροχο συγκρότημα ανακτόρων. Το 1777, ωστόσο, το κύριο μέρος του κτιρίου καταστράφηκε από σοβαρή πυρκαγιά.

Στη συνέχεια, ανοικοδομήθηκε μόνο η πτέρυγα του κήπου της αυλής με τους δύο γωνιακούς πύργους. Στα τέλη του 18ου αιώνα, η εκλογική κυριαρχία έλαβε οριστικά τέλος. Κατά τη διάρκεια της γαλλικής κατοχής, το παλάτι δεν έπαιζε πλέον ρόλο ως αντιπροσωπευτικό κτίριο και χρησιμοποιήθηκε για πρακτικούς σκοπούς.

Μετά το Συνέδριο της Βιέννης το 1815, ο Πρωσός βασιλιάς Φρίντριχ Βίλχελμ Γ' επέλεξε τη Βόννη ως τόπο εγκατάστασης ενός νέου πανεπιστημίου: το Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität ιδρύθηκε στις 18 Οκτωβρίου 1818 - το πρώην εκλογικό ανάκτορο θα χρησίμευε ως το κύριο κτίριο του. Χάρη στο πανεπιστήμιο, η πόλη της Βόννης αυξήθηκε σταθερά σε πλούτο και επιρροή.

Κατά τη διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, το παλάτι υπέστη σοβαρές ζημιές από αεροπορικές επιδρομές. Η ανακατασκευή του ολοκληρώθηκε το 1957.

Σήμερα, το ιστορικό κτίριο στεγάζει πολλές από τις ανθρωπιστικές και θεολογικές σχολές του Πανεπιστημίου της Βόννης.