Der Wittelsbacher Ernst von Bayern ernannte Bonn 1597 offiziell zur Haupt- und Residenzstadt Kurkölns. Nachdem die Residenz fast ein Jahrhundert später bei der Belagerung von Bonn weitestgehend zerstört worden war, schuf Kurfürst Joseph Clemens von Bayern das Fundament für einen großen Neubau als Vierflügelanlage. So entstand eine prachtvolle Schlossanlage. 1777 wurde der Hauptteil des Gebäudes jedoch durch einen schweren Brand zerstört.

Danach wurde lediglich der Hofgartenflügel mit den beiden Ecktürmen wiederaufgebaut. Ende des 18. Jahrhunderts ging die kurfürstliche Herrschaft schließlich ihrem Ende entgegen. Während der französischen Besatzungszeit spielte das Schloss als repräsentatives Bauwerk keine Rolle mehr und wurde für praktische Zwecke genutzt.

Nach dem Wiener Kongress 1815 wählte der preußische König Friedrich Wilhelm III. Bonn als Standort für eine neue Universität: Am 18. Oktober 1818 wurde die Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität gegründet – das ehemalige kurfürstliche Schloss sollte als ihr Hauptgebäude dienen. Durch die Universität gewann die Stadt Bonn stetig an Reichtum und Einfluss.

Während des Zweiten Weltkriegs wurde das Schloss bei Luftangriffen schwer beschädigt. Der Wiederaufbau war im Jahr 1957 abgeschlossen.

Das historische Gebäude beherbergt heute viele Geisteswissenschaften und die theologischen Fakultäten der Universität Bonn.