Instytut Roberta Kocha (RKI) zaleca szczepienia przeciwko kleszczowemu zapaleniu mózgu (KZM ). Dotyczy to wszystkich osób przebywających na łonie natury, zarówno zawodowo, jak i w czasie wolnym lub na wakacjach. W obszarach ryzyka firmy ubezpieczeniowe pokrywają koszty szczepień przeciwko kleszczom, które można uzyskać u każdego lekarza rodzinnego. Niektóre kasy chorych pokrywają również koszty szczepień podróżnych. Należy to wyjaśnić przed ewentualnym szczepieniem.
Aby uzyskać pełną podstawową odporność przeciwko kleszczowemu zapaleniu mózgu, szczepienie wykonuje się trzy razy w ciągu roku. Jeśli ochrona immunologiczna ma być budowana w krótkim okresie, szczepienie można również podać trzykrotnie w ciągu 21 dni. Nawet wtedy kolejne szczepienie należy podać po upływie roku. Jeśli ryzyko utrzymuje się, szczepienie należy wzmacniać co trzy lata.
Nadal nie ma szczepionki przeciwko najczęstszej chorobie przenoszonej przez kleszcze, chorobie z Lyme, infekcji bakteryjnej. Najlepszą ochroną przed boreliozą jest noszenie odpowiedniej odzieży, stosowanie środków odstraszających owady i usuwanie kleszczy w odpowiednim czasie. W pierwszym stadium choroby z Lyme w niektórych przypadkach występuje zaczerwienienie skóry w kształcie pierścienia wokół ukąszenia kleszcza, a także bóle głowy, mięśni, stawów lub nerwów oraz zwiększone zmęczenie. Ponieważ laicy nie są w stanie postawić jednoznacznej diagnozy ze względu na podobieństwo do infekcji grypopodobnej, w przypadku jakichkolwiek podejrzeń zawsze należy skonsultować się z lekarzem. Im wcześniej infekcja zostanie wykryta, tym lepiej można ją leczyć antybiotykami.
Im szybciej kleszcz zostanie usunięty z ciała, tym mniejsze ryzyko infekcji. W przeciwieństwie do wirusów kleszczowego zapalenia mózgu, krętki borrelia są przenoszone dopiero pod koniec posiłku z krwią. Ssanie, a tym samym przenoszenie choroby, trwa co najmniej od jednej do dwóch godzin, a często nawet do dwunastu godzin.