Baltık ve Kuzey Denizlerindeki Küçük Deniz Memelilerinin Korunması Anlaşması (ASCOBANS) 1991 yılında CMS himayesinde imzalanmıştır. Ocak 2007'den bu yana, ASCOBANS'ın ana sözleşmesi olan CMS'nin (Göçmen Yabani Hayvan Türlerinin Korunması Sözleşmesi Sekretaryası) sekretaryası, anlaşmanın sekretaryası olarak görev yapmaktadır.

BM Çevre Programı (UNEP) tarafından yönetilen ortak sekretaryanın merkezi Bonn'dadır. Gerekli idari görevleri yerine getirir, Anlaşma'nın uygulanmasına ilişkin bilgileri toplar ve dağıtır, Anlaşma'nın karar alma ve danışma organlarının toplantılarını hazırlar ve düzenler. Sekreterya ayrıca küçük deniz memelilerinin maruz kaldığı tehlikeler konusunda kamu bilincini artırmaya yönelik faaliyetler de yürütmektedir.