En 1991, l'Accord sur la conservation des petits cétacés de la mer du Nord et de la mer Baltique (ASCOBANS) a été conclu sous l'égide de CMS. Depuis janvier 2007, le secrétariat de la convention mère ASCOBANS, CMS (Secrétariat de la Convention sur la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage) assure le secrétariat de l'accord.

Le secrétariat commun, géré par le Programme des Nations unies pour l'environnement (PNUE), a son siège à Bonn. Il accomplit les tâches administratives nécessaires, recueille et diffuse des informations relatives à la mise en œuvre de l'accord, prépare et organise les réunions des organes décisionnels et consultatifs de l'accord. Le secrétariat mène également des actions de sensibilisation du public aux dangers auxquels sont confrontés les petits cétacés.