El Acuerdo sobre la Conservación de los Pequeños Cetáceos del Mar Báltico y el Mar del Norte (ASCOBANS) se celebró en 1991 bajo los auspicios de la CMS. Desde enero de 2007, la secretaría de la convención matriz ASCOBANS, CMS (Secretaría de la Convención sobre la Conservación de las Especies Migratorias de Animales Silvestres), ha actuado como secretaría del acuerdo.

La secretaría conjunta, administrada por el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA), tiene su sede en Bonn. Lleva a cabo las tareas administrativas necesarias, recopila y difunde información relativa a la aplicación del Acuerdo, prepara y organiza las reuniones de los órganos decisorios y consultivos del Acuerdo. La Secretaría también lleva a cabo actividades para concienciar al público sobre los peligros a los que están expuestos los pequeños cetáceos.