Porozumienie o ochronie małych waleni Morza Bałtyckiego i Północnego (ASCOBANS) zostało zawarte w 1991 r. pod auspicjami CMS. Od stycznia 2007 r. sekretariat macierzystej konwencji ASCOBANS, CMS (Sekretariat Konwencji o ochronie wędrownych gatunków dzikich zwierząt), działa jako sekretariat porozumienia.

Wspólny sekretariat, zarządzany przez Program Środowiskowy ONZ (UNEP), ma siedzibę w Bonn. Wykonuje on niezbędne zadania administracyjne, gromadzi i rozpowszechnia informacje związane z wdrażaniem Porozumienia, przygotowuje i organizuje spotkania organów decyzyjnych i doradczych Porozumienia. Sekretariat prowadzi również działania mające na celu podnoszenie świadomości społecznej na temat zagrożeń, na jakie narażone są małe walenie.