1991 wurde unter der Schirmherrschaft von CMS das Abkommen zur Erhaltung der Kleinwale in der Nord- und Ostsee (ASCOBANS) geschlossen. Seit Januar 2007 trägt das Sekretariat der Mutterkonvention ASCOBANS, CMS (Sekretariat des Übereinkommens zur Erhaltung der wandernden wildlebenden Tierarten) die Sekretariatsfunktion für das Abkommen.

Das gemeinsame Sekretariat, verwaltet vom UN-Umweltprogramm (UNEP), hat seinen Sitz in Bonn. Es erledigt die erforderlichen Verwaltungsaufgaben, sammelt und verbreitet Informationen in Bezug auf die Umsetzung des Abkommens, bereitet die Sitzungen der beschlussfassenden und beratenden Gremien des Abkommens vor und organisiert diese. Außerdem führt das Sekretariat Maßnahmen zur Stärkung des öffentlichen Bewusstseins durch, um auf die Gefahren aufmerksam zu machen, denen Kleinwale ausgesetzt sind.