La Unión Europea ofrece una amplia gama de instrumentos de financiación. Éstos, a su vez, conforman un amplio espectro de objetivos, temas, prioridades, responsabilidades y participantes. La Unión Europea apoya a la Ciudad Federal de Bonn con 5,3 millones de euros para proyectos en curso. Esto significa que alrededor del cinco por ciento de toda la financiación procede de Bruselas. Se apoyan medidas como la ampliación de la "economía y sociedad basadas en datos" o el "Centro de Competencia para la Mujer y el Trabajo", así como la "Estrategia Regional contra el Cambio Climático".

En Bonn, la financiación europea fluyó hacia proyectos sociales como la "Ciudad socialmente integradora de Tannenbusch", la ampliación de infraestructuras verdes como la "C verde" o el desarrollo de la Ciudad de la ONU de Bonn. La financiación de la UE es especialmente importante para la ciencia y la investigación. La Universidad Rheinische Friedrichs-Wilhelm y numerosas instituciones de enseñanza superior de la región dependen de la financiación de Bruselas. También el Instituto Fraunhofer de Tecnologías de la Información de Sankt Augustin. Junto con Copenhague y Turín, la ciudad de Bonn participa como socio en el proyecto de investigación a escala europea MONICA, que se ocupa de la seguridad de los grandes acontecimientos.

Todos los proyectos de financiación de Bonn en los que participa la administración municipal se registran en una base de datos independiente. Se ha creado un departamento de financiación de la ciudad para coordinar esta futura tarea y proporcionar apoyo y asesoramiento.