Η Ευρωπαϊκή Ένωση παρέχει ένα ευρύ φάσμα χρηματοδοτικών μέσων. Αυτά με τη σειρά τους διαμορφώνουν ένα ευρύ φάσμα στόχων, θεμάτων, προτεραιοτήτων, αρμοδιοτήτων και συμμετεχόντων. Η Ευρωπαϊκή Ένωση υποστηρίζει την Ομοσπονδιακή Πόλη της Βόννης με 5,3 εκατομμύρια ευρώ για τρέχοντα έργα. Αυτό σημαίνει ότι περίπου το πέντε τοις εκατό του συνόλου της χρηματοδότησης προέρχεται από τις Βρυξέλλες. Υποστηρίζονται μέτρα όπως η επέκταση της "Οικονομίας και κοινωνίας με γνώμονα τα δεδομένα" ή το "Κέντρο ικανοτήτων για τις γυναίκες και την εργασία", καθώς και η "Περιφερειακή στρατηγική για την κλιματική αλλαγή".

Στη Βόννη, η ευρωπαϊκή χρηματοδότηση ρέει σε κοινωνικά έργα όπως η "Κοινωνικά ολοκληρωμένη πόλη Tannenbusch", η επέκταση των πράσινων υποδομών όπως το "Green C" ή η ανάπτυξη της πόλης των Ηνωμένων Εθνών στη Βόννη. Η χρηματοδότηση της ΕΕ είναι ιδιαίτερα σημαντική για την επιστήμη και την έρευνα. Το Πανεπιστήμιο Rheinische Friedrichs-Wilhelm και πολλά ιδρύματα τριτοβάθμιας εκπαίδευσης στην περιοχή εξαρτώνται από τη χρηματοδότηση των Βρυξελλών. Αυτό περιλαμβάνει επίσης το Ινστιτούτο Τεχνολογίας Πληροφοριών Fraunhofer στο Sankt Augustin. Μαζί με την Κοπεγχάγη και το Τορίνο, η πόλη της Βόννης συμμετέχει ως εταίρος στο πανευρωπαϊκό ερευνητικό έργο MONICA, το οποίο αφορά την ασφάλεια μεγάλων εκδηλώσεων.

Όλα τα χρηματοδοτικά έργα της Βόννης στα οποία συμμετέχει η διοίκηση της πόλης καταγράφονται σε ξεχωριστή βάση δεδομένων. Για το συντονισμό αυτού του μελλοντικού έργου και την παροχή υποστήριξης και συμβουλών έχει συσταθεί ένα τμήμα χρηματοδότησης της πόλης.