На шляху до кліматично нейтрального Бонну завжди діє принцип "уникнення перед компенсацією", коли йдеться про викиди парникових газів. У майбутньому енергія буде використовуватися ефективно, а викиди будуть скорочуватися. Тим не менш, парникові гази все ще вироблятимуться в межах міста, чого неможливо повністю уникнути, наприклад, у транспорті чи промисловості. Для того, щоб місто стало кліматично нейтральним у 2035 році, частка цих неминучих викидів CO2 повинна бути компенсована або компенсована. Компенсація парникових газів передбачає зв'язування шкідливого для клімату CO2 з атмосфери та його постійне зберігання. Це призводить до так званих "негативних викидів" для балансу парникових газів.

Неминучі викиди можуть бути компенсовані природним або технічним поглинанням CO2. Сім відсотків міської території Бонна - це сільськогосподарські угіддя, а 30 відсотків - ліси та лісові масиви. Міська адміністрація проводить потенційне дослідження щодо природної компенсації та довгострокового зберігання CO2 у ґрунті.

Технічна компенсація неминучих викидів відома на міжнародному рівні як уловлювання та зберігання вуглецю (УЗВ). При уловлюванні та зберіганні вуглекислого газу газ відокремлюють, зріджують і зберігають за допомогою промислових процесів. Однак ця технологія є дуже дорогою і, згідно зі звітом IPCC - оціночним звітом Міжурядової групи експертів з питань зміни клімату - зможе забезпечити лише дуже малу частку глобального скорочення викидів парникових газів до 2030 року. Тому уникнення викидів парникових газів, а не технічна компенсація, завжди є пріоритетом для міста Бонн.