Nel percorso verso una Bonn neutrale dal punto di vista climatico, per quanto riguarda le emissioni di gas serra vale sempre il principio "evitare prima di compensare". In futuro, l'energia sarà utilizzata in modo efficiente e le emissioni saranno ridotte. Ciononostante, all'interno della città si produrranno ancora gas serra che non possono essere completamente evitati, ad esempio nei trasporti o nell'industria. Affinché la città sia effettivamente neutrale dal punto di vista climatico nel 2035, la percentuale di queste emissioni di CO2 inevitabili deve essere compensata o compensata. La compensazione dei gas a effetto serra consiste nel sequestrare la CO2 dannosa per il clima dall'atmosfera e immagazzinarla in modo permanente. Questo comporta le cosiddette "emissioni negative" per il bilancio dei gas serra.

Le emissioni inevitabili possono essere compensate con il sequestro naturale o tecnico della CO2. Il 7% dell'area urbana di Bonn è costituito da terreni agricoli e il 30% da foreste e aree boschive. L'amministrazione comunale sta conducendo un potenziale studio sulla compensazione naturale e sullo stoccaggio a lungo termine della CO2 nel suolo.

La compensazione tecnica delle emissioni inevitabili è nota a livello internazionale come cattura e stoccaggio del carbonio (CCS). Quando l'anidride carbonica viene catturata e stoccata, il gas viene separato, liquefatto e immagazzinato utilizzando processi industriali. Tuttavia, questa tecnologia è molto costosa e, secondo il rapporto IPCC - il rapporto di valutazione del Gruppo intergovernativo di esperti sul cambiamento climatico - sarà in grado di rappresentare solo una minima parte della riduzione globale dei gas serra entro il 2030. L'evitamento dei gas serra rispetto alla compensazione tecnica è quindi sempre una priorità per l'area urbana di Bonn.