Στην πορεία προς μια κλιματικά ουδέτερη Βόννη, η αρχή "αποφυγή πριν από την αποζημίωση" ισχύει πάντα όταν πρόκειται για τις εκπομπές αερίων του θερμοκηπίου. Στο μέλλον, η ενέργεια θα χρησιμοποιείται αποτελεσματικά και οι εκπομπές θα μειώνονται. Παρόλα αυτά, εντός των ορίων της πόλης θα εξακολουθούν να παράγονται αέρια του θερμοκηπίου που δεν μπορούν να αποφευχθούν πλήρως, για παράδειγμα στις μεταφορές ή στη βιομηχανία. Προκειμένου η πόλη να είναι πραγματικά κλιματικά ουδέτερη το 2035, το ποσοστό αυτών των αναπόφευκτων εκπομπών CO2 πρέπει να αντισταθμιστεί ή να αντισταθμιστεί. Η αντιστάθμιση των αερίων του θερμοκηπίου περιλαμβάνει τη δέσμευση του επιβλαβούς για το κλίμα CO2 από την ατμόσφαιρα και τη μόνιμη αποθήκευσή του. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα τις λεγόμενες "αρνητικές εκπομπές" για το ισοζύγιο των αερίων του θερμοκηπίου.

Οι αναπόφευκτες εκπομπές μπορούν να αντισταθμιστούν είτε με φυσική είτε με τεχνική δέσμευση CO2. Το επτά τοις εκατό της αστικής έκτασης της Βόννης είναι γεωργική γη και το 30 τοις εκατό είναι δάση και δασικές εκτάσεις. Η διοίκηση της πόλης διεξάγει μια πιθανή μελέτη για τη φυσική αντιστάθμιση και τη μακροπρόθεσμη αποθήκευση του CO2 στο έδαφος.

Η τεχνική αντιστάθμιση των αναπόφευκτων εκπομπών είναι διεθνώς γνωστή ως δέσμευση και αποθήκευση άνθρακα (CCS). Κατά τη δέσμευση και αποθήκευση του διοξειδίου του άνθρακα, το αέριο διαχωρίζεται, υγροποιείται και αποθηκεύεται χρησιμοποιώντας βιομηχανικές διαδικασίες. Ωστόσο, η τεχνολογία αυτή είναι πολύ δαπανηρή και, σύμφωνα με την έκθεση της IPCC - την έκθεση αξιολόγησης της Διακυβερνητικής Επιτροπής για την Κλιματική Αλλαγή - θα μπορέσει να καλύψει μόνο ένα πολύ μικρό ποσοστό της παγκόσμιας μείωσης των αερίων του θερμοκηπίου έως το 2030. Συνεπώς, η αποφυγή των αερίων του θερμοκηπίου υπέρ της τεχνικής αντιστάθμισης αποτελεί πάντα προτεραιότητα για την περιοχή της πόλης της Βόννης.