En el camino hacia una Bonn climáticamente neutra, siempre se aplica "evitar antes que compensar" cuando se trata de emisiones de gases de efecto invernadero. En el futuro, la energía se utilizará de forma eficiente y se reducirán las emisiones. No obstante, dentro de los límites de la ciudad seguirán produciéndose gases de efecto invernadero que no podrán evitarse por completo, por ejemplo en el transporte o la industria. Para que la ciudad sea realmente neutra desde el punto de vista climático en 2035, la proporción de estas emisiones inevitables de CO2 debe compensarse o compensarse. La compensación de gases de efecto invernadero consiste en captar el CO2 nocivo para el clima de la atmósfera y almacenarlo permanentemente. El resultado son las llamadas "emisiones negativas" para el balance de gases de efecto invernadero.

Las emisiones inevitables pueden compensarse mediante el secuestro natural o técnico de CO2. El 7% de la superficie urbana de Bonn es terreno agrícola y el 30% son bosques y zonas arboladas. La administración municipal está realizando un estudio potencial sobre la compensación natural y el almacenamiento a largo plazo de CO2 en el suelo.

La compensación técnica de las emisiones inevitables se conoce internacionalmente como captura y almacenamiento de carbono (CAC). Para capturar y almacenar el dióxido de carbono, el gas se separa, licua y almacena mediante procesos industriales. Sin embargo, esta tecnología es muy costosa y, según el informe del IPCC -el informe de evaluación del Grupo Intergubernamental de Expertos sobre el Cambio Climático-, sólo podrá representar una proporción muy pequeña de la reducción mundial de gases de efecto invernadero de aquí a 2030. Por ello, la evitación de gases de efecto invernadero frente a la compensación técnica es siempre una prioridad para el área urbana de Bonn.