1686 legte der Kölner Erzbischof und Kurfürst Max von Bayern den Grundstein für die Kirche, deren Bau für den Jesuitenorden er mit 50.000 Reichstalern  finanzierte. 1717 konnte die Kirche geweiht werden und diente bis 1774 der Gesellschaft Jesu als Schul- und Ordenskirche.

Französische Soldaten ließen im Jahr 1800 eine Ruine zurück, nachdem sie die Kirche zum Pferdestall und Magazin umfunktioniert hatten. Seit 1877 wird das Gebäude - inzwischen in Staatsbesitz übergegangen - durchgängig als Gotteshaus genutzt. Sie war die erste Pfarrkirche der alt-katholischen Gemeinde, von 1934 bis 2009 Universitätskirche der römisch-katholischen Kirche und seit 2012 ist sie Bistums- und Bischofskirche für das Katholische Bistum der Alt-Katholiken in Deutschland.