Занадто мала кількість стічних вод у каналізації, тривалі періоди без дощу або технічні причини можуть призвести до утворення відкладень у каналізаційній мережі, які перешкоджають проходженню стоків або викликають неприємні запахи.

Тому місто Бонн проводить регулярне очищення громадських каналізаційних систем в рамках програми технічного обслуговування каналізації.

Прочищення каналізації здійснюється згідно з графіком промивання. Правовою основою для цього є Постанова про самоконтроль каналізації (SüwV Kan).

Позапланова прочистка проводиться також спонтанно у випадку засмічення або неприємного запаху.

Каналізаційні мережі прочищають за допомогою прочищувальних машин, так званих "комбінованих змивних та всмоктувальних машин".

Наразі в Бонні це здійснюється за допомогою трьох машин, дві з яких автоматично фільтрують стічні води з каналізації, а потім використовують їх для прочищення каналізації. Це дозволяє здійснювати очищення каналізації екологічно та економічно одночасно.

З міркувань дорожнього руху кілька каналізаційних колекторів у місті можна очищати лише вночі. Про це "нічне очищення" мешканцям повідомляють заздалегідь за допомогою листів до мешканців та публікацій у щоденній пресі.