Kanalizasyonda çok az atık su olması, uzun süre yağmur yağmaması veya teknik nedenler kanalizasyon şebekesinde akışı engelleyen veya kokuya neden olan birikintilere yol açabilir.

Bu nedenle Bonn Belediyesi, kanalizasyon bakım programının bir parçası olarak kamuya ait kanalizasyon sistemlerini düzenli olarak temizlemektedir.

Kanalizasyon temizliği bir yıkama programına göre gerçekleştirilir. Bunun yasal dayanağı Kanalizasyon Kendi Kendini İzleme Yönetmeliğidir (SüwV Kan).

Tıkanıklık veya koku rahatsızlığı durumunda planlanmamış temizlik de kendiliğinden gerçekleştirilir.

Kanalizasyonlar "kombine yıkama ve emme araçları" olarak adlandırılan temizlik araçlarıyla temizlenir.

Bu işlem Bonn şehrinde şu anda ikisi kanalizasyondan gelen atık suyu otomatik olarak filtreleyen ve daha sonra kanalizasyon temizliği için kullanan toplam üç araçla gerçekleştirilmektedir. Bu sayede kanalizasyon temizliği aynı zamanda ekolojik ve ekonomik olarak gerçekleştirilebilmektedir.

Trafik nedeniyle şehirdeki birkaç kanalizasyon sadece geceleri temizlenebilmektedir. Bu "gece temizliği" sakinlere mektuplar ve günlük basında yayınlar yoluyla önceden bildirilmektedir.