Η πολύ μικρή ποσότητα λυμάτων στον υπόνομο, οι μεγάλες περίοδοι χωρίς βροχή ή τεχνικά αίτια μπορούν να οδηγήσουν σε εναποθέσεις στο δίκτυο αποχέτευσης που εμποδίζουν τη ροή ή προκαλούν οσμές.

Για το λόγο αυτό, η πόλη της Βόννης πραγματοποιεί τακτικό καθαρισμό των δημόσιων δικτύων αποχέτευσης στο πλαίσιο του προγράμματος συντήρησης των αποχετεύσεων.

Ο καθαρισμός των υπονόμων πραγματοποιείται σύμφωνα με ένα πρόγραμμα έκπλυσης. Η νομική βάση γι' αυτό είναι το διάταγμα αυτοελέγχου αποχέτευσης (SüwV Kan).

Ο μη προγραμματισμένος καθαρισμός πραγματοποιείται επίσης αυθόρμητα σε περίπτωση απόφραξης ή οσμής.

Ο καθαρισμός των υπονόμων γίνεται με οχήματα καθαρισμού, τα λεγόμενα "οχήματα συνδυασμένης έκπλυσης και αναρρόφησης".

Αυτό πραγματοποιείται σήμερα στην πόλη της Βόννης με συνολικά τρία οχήματα, δύο από τα οποία φιλτράρουν αυτόματα τα λύματα από τους υπονόμους και στη συνέχεια τα χρησιμοποιούν για τον καθαρισμό των υπονόμων. Με τον τρόπο αυτό ο καθαρισμός των υπονόμων μπορεί να πραγματοποιείται ταυτόχρονα οικολογικά και οικονομικά.

Για λόγους κυκλοφορίας, μερικοί υπόνομοι στην πόλη μπορούν να καθαρίζονται μόνο τη νύχτα. Αυτός ο "νυχτερινός καθαρισμός" γνωστοποιείται στους κατοίκους εκ των προτέρων μέσω επιστολών προς τους κατοίκους και δημοσιεύσεων στον ημερήσιο τύπο.