يمكن أن تؤدي قلة مياه الصرف الصحي في المجاري أو عدم هطول الأمطار لفترات طويلة أو لأسباب فنية إلى ترسبات في شبكة المجاري تعيق التدفق أو تسبب الروائح الكريهة.

ولذلك تقوم مدينة بون بالتنظيف المنتظم لشبكات المجاري العامة كجزء من برنامج صيانة المجاري.

ويتم تنظيف المجاري وفقاً لجدول زمني للتنظيف. والأساس القانوني لذلك هو قانون المراقبة الذاتية للمجاري (SüwV Kan).

كما يتم إجراء التنظيف غير المجدول بشكل تلقائي في حالة حدوث انسداد أو انبعاث روائح مزعجة.

يتم تنظيف المجاري باستخدام مركبات التنظيف، أو ما يسمى "مركبات التنظيف والشفط المدمجة".

ويتم تنفيذ ذلك حاليًا في مدينة بون بما مجموعه ثلاث مركبات، اثنتان منها تقومان تلقائيًا بتصفية مياه الصرف الصحي من المجاري ثم تستخدمان لتنظيف المجاري. وهذا يسمح بتنظيف المجاري بطريقة بيئية واقتصادية في نفس الوقت.

ولأسباب تتعلق بحركة المرور، لا يمكن تنظيف بعض المجاري في المدينة إلا ليلاً. يتم إبلاغ السكان مسبقًا بهذا "التنظيف الليلي" عن طريق رسائل إلى السكان ومنشورات في الصحافة اليومية.