Durch zu wenig Abwasser im Kanal, längere Zeiten ohne Regen oder durch technische Ursachen kann es im Kanalnetz zu Ablagerungen kommen, die den Abfluss behindern oder Gerüche verursachen.

Daher führt die Stadt Bonn im Rahmen der Kanalunterhaltung eine regelmäßige Reinigung der öffentlichen Kanalanlagen durch.

Die Kanalreinigung erfolgt nach Spülplan. Gesetzliche Grundlage hierfür ist die Selbstüberwachungsverordnung Kanal (SüwV Kan).

Außerplanmäßige Reinigungen werden im Fall von Verstopfungen oder Geruchsbelästigungen zusätzlich auch spontan durchgeführt.

Die Kanäle werden mit Reinigungsfahrzeugen, sog. "kombinierten Spül- und Saugfahrzeugen", gereinigt.

Dies geschieht derzeit in der Stadt Bonn mit insgesamt drei Fahrzeugen, wovon zwei dieser Reinigungsfahrzeuge das Abwasser der Kanäle automatisch filtern und dieses dann für die Kanalreinigung benutzen. Hierdurch kann die Kanalreinigung ökologisch und gleichzeitig ökonomisch durchgeführt werden.

Einige wenige Kanäle im Stadtgebiet können aus verkehrstechnischen Gründen nur nachts gereinigt werden. Diese "Nachtreinigung" wird den Anwohnern durch Bürgerbriefe und durch Veröffentlichungen in der Tagespresse vorher mitgeteilt.