Les coopérations régionales sont devenues pour la ville de Bonn un instrument important pour assurer durablement le site économique. La ville de Bonn et le district Rhein-Sieg ainsi que de nombreuses communes appartenant au district entretiennent une étroite collaboration qui va de la formation et du développement de la main-d'œuvre qualifiée à la protection de l'environnement en passant par la coopération en matière de planification des transports et de développement des surfaces ainsi que par des services communs. Avec la région Bonn/Rhein-Sieg/Ahrweiler, il existe depuis plus de deux décennies une coopération régionale qui s'étend sur deux Länder. Non seulement des participations communes à des salons (comme le salon de l'immobilier Expo Real) sont réalisées, mais il existe également depuis des années des relations de travail éprouvées en matière de soutien au changement structurel dans le cadre d'approches de clusters (comme l'économie de la santé ou la géoinformation) ainsi que dans le cadre de la coopération entre l'économie et la science ("Wissenschaftsregion Bonn").