Regionale Kooperationen haben sich bei der Stadt Bonn zu einem wichtigen Instrument zur nachhaltigen Sicherung des Wirtschaftsstandortes etabliert. Die Stadt Bonn und der Rhein-Sieg-Kreis sowie viele kreisangehörige Kommunen pflegen eine enge Zusammenarbeit, die von der Bildung und Fachkräfteentwicklung, über die Kooperation bei der Verkehrsplanung und Flächenentwicklung bis hin zum Umweltschutz sowie zu gemeinsamen Dienstleistungen reicht. Mit der Region Bonn/Rhein-Sieg/Ahrweiler besteht seit mehr als zwei Jahrzehnten eine, über zwei Bundesländer hinweg reichende, regionale Kooperation. Dabei werden nicht nur gemeinsame Messeauftritte (wie auf der Immobilienmesse Expo Real) realisiert, sondern es bestehen zudem seit Jahren erprobte Arbeitsbeziehungen bei der Unterstützung des strukturellen Wandels bei Clusteransätzen (wie Gesundheitswirtschaft oder Geoinformation) sowie bei der Zusammenarbeit von Wirtschaft und Wissenschaft („Wissenschaftsregion Bonn“).