L'accord sur la conservation des populations de chauves-souris d'Europe (EUROBATS) a été conclu en 1991 sous les auspices de la CMS, après la reconnaissance du statut de protection insuffisant des chauves-souris en Europe, en Afrique du Nord et au Moyen-Orient. L'accord protège 52 espèces de chauves-souris connues dans cette région. Jusqu'à présent, 35 des 63 pays riverains ont adhéré à l'accord. L'objectif principal de l'accord est de créer un cadre permettant aux États membres et aux pays qui n'ont pas encore adhéré de coopérer à la protection des espèces de chauves-souris.

Le secrétariat d'EUROBATS a commencé à travailler à Bonn en 1996. Il a pour mission de coordonner et d'organiser toutes les activités du Comité permanent, du Comité consultatif et des Conférences des Parties. Le secrétariat prend également des initiatives pour la mise en œuvre de l'accord, le recrutement de nouveaux États membres, la sensibilisation du public, l'échange d'informations et la coordination des initiatives internationales de recherche et d'observation.

En 2001, l'accord a été intégré au Programme des Nations unies pour l'environnement (PNUE). Il sert de modèle de réussite pour la promotion d'accords similaires de conservation des chauves-souris sur d'autres continents.