Η συμφωνία για τη διατήρηση των ευρωπαϊκών πληθυσμών νυχτερίδων (EUROBATS) συνήφθη το 1991 υπό την αιγίδα της CMS, αφού αναγνωρίστηκε η ανεπαρκής κατάσταση διατήρησης των νυχτερίδων στην Ευρώπη, τη Βόρεια Αφρική και τη Μέση Ανατολή. Η συμφωνία προστατεύει 52 γνωστά είδη νυχτερίδων στην περιοχή αυτή. Μέχρι σήμερα, συνολικά 35 από τις 63 γειτονικές χώρες έχουν προσχωρήσει στη συμφωνία. Ο κύριος στόχος της συμφωνίας είναι να δημιουργήσει ένα πλαίσιο για τα κράτη μέλη και τις χώρες που δεν έχουν ακόμη ενταχθεί να συνεργαστούν για την προστασία των ειδών νυχτερίδων.

Η Γραμματεία του EUROBATS ξεκίνησε τις εργασίες της στη Βόννη το 1996. Στα καθήκοντά της περιλαμβάνεται ο συντονισμός και η οργάνωση όλων των δραστηριοτήτων των μόνιμων και συμβουλευτικών επιτροπών και των διασκέψεων των μερών. Η Γραμματεία αναλαμβάνει επίσης πρωτοβουλίες για την εφαρμογή της Σύμβασης, την προσέλκυση επιπλέον κρατών μελών, την προώθηση της ευαισθητοποίησης του κοινού, την ανταλλαγή πληροφοριών και το συντονισμό διεθνών πρωτοβουλιών έρευνας και παρακολούθησης.

Το 2001, η συμφωνία ενσωματώθηκε στο Περιβαλλοντικό Πρόγραμμα των Ηνωμένων Εθνών (UNEP). Χρησιμεύει ως επιτυχημένο μοντέλο όσον αφορά την προώθηση παρόμοιων συμφωνιών για τη διατήρηση των νυχτερίδων σε άλλες ηπείρους.