Das Abkommen zur Erhaltung der europäischen Fledermauspopulationen (EUROBATS) wurde im Jahr 1991 unter der Schirmherrschaft von CMS geschlossen, nachdem man den unzureichenden Schutzstatus von Fledermäusen in Europa, Nordafrika und dem Nahen Osten erkannt hatte. Durch das Abkommen werden 52 bekannte Fledermausarten in diesem Gebiet geschützt. Bis heute sind insgesamt 35 von 63 Anrainerstaaten dem Abkommen beigetreten. Hauptziel des Abkommens ist es, einen Rahmen für die Mitgliedstaaten und die noch nicht beigetretenen Länder zu schaffen, beim Schutz der Fledermausarten zusammenzuarbeiten.

Das EUROBATS-Sekretariat nahm seine Arbeit in Bonn im Jahr 1996 auf. Zu seinen Aufgaben gehört, alle Aktivitäten des Ständigen und des Beratenden Ausschusses sowie der Vertragsstaatenkonferenzen zu koordinieren und zu organisieren. Das Sekretariat ergreift außerdem Initiativen zur Umsetzung des Abkommens, zur Anwerbung weiterer Mitgliedstaaten, zur Förderung der Bewusstseinsbildung in der Öffentlichkeit, zum Austausch von Informationen sowie zur Koordinierung internationaler Forschungs- und Beobachtungsinitiativen.

Im Jahr 2001 wurde das Abkommen in das Umweltprogramm der Vereinten Nationen (UNEP) eingegliedert. Es dient als erfolgreiches Modell, wenn es darum geht, ähnliche Abkommen zur Erhaltung der Fledermäuse auf anderen Kontinenten zu fördern.