Природні заповідники є одними з найбільш суворо охоронюваних територій у Німеччині. Вони призначені насамперед для збереження середовищ існування видів тварин і рослин, що охороняються. У Бонні є одинадцять природних заповідників, в яких рідкісні та суворо охоронювані види тварин і рослин знаходять унікальний притулок.

Для збереження рекреаційних зон і захисту чутливих і цінних середовищ існування та видів у заповідниках діють важливі правила поведінки, яких слід дотримуватися завжди:

• Собаки в заповідниках повинні постійно перебувати на повідку.
• Рекреаційне використання обмежене офіційними стежками та дорогами, і суворо заборонено сходити з них.

Вигул собак на території природних заповідників становить небезпеку для тварин і рослин, які там мешкають, оскільки

• заважає розмноженню птахів, що гніздяться на землі, наприклад, малинівки, під час сезону розмноження . Якщо батьківські птахи відганяють бродячих собак, вони можуть покинути гнізда разом з пташенятами, що призведе до їхньої голодної смерті.
• Перелітніптахи залежать від місць відпочинку в природних заповідниках Бонна під час своїх довгих перельотів. Якщо, наприклад, диких гусей турбують безпритульні собаки або люди, вони тікають і змушені шукати нові місця відпочинку. Це призводить до значного додаткового стресу, оскільки тварини природним чином виснажені тривалими міграціями.
• дикі тварини, такі як дикі коти, сприймають безпритульних собак як небезпеку. Тварини тікають і можуть отримати травми. Якщо їх навіть переслідує мисливський собака, вони можуть загинути від виснаження.
• Екскременти собак призводять до постійного притоку поживних речовин, що може пригнічувати чутливі, бідні на поживні речовини біотопи та рослини. Наприклад, природні заповідники "Роддерберг" і "Дюне Танненбуш" є важливими завдяки своїм бідним на поживні речовини ґрунтам і спеціалізованим видам рослин, таким як картузіанська рожева. Бідні на поживні речовини ґрунти знаходяться під загрозою зникнення і рідко зустрічаються в Бонні.