Der Hauptsitz in Großbritannien machte nach dem Brexit eine zusätzliche Niederlassung im Gebiet der EU erforderlich. 

Bonn hat sich gegen acht hochqualitative Konkurrenzangebote europäischer Nachbarn durchsetzen können. Die Stadt bietet alle Voraussetzungen für das EZMW: eine zentrale Lage in Europa mit exzellenter Infrastruktur, ausgezeichnete Lebensbedingungen für die Mitarbeiter des EZMW und ihrer Familien und vor allem auch umfangreiche Kooperationsmöglichkeiten als VN- und Wissenschaftsstandort mit Schwerpunkten in Klima- und Umweltthemen.

Im August 2021 haben die ersten Mitarbeitenden ihre Arbeit aufgenommen, zunächst noch in einer Zwischenunterkunft im Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit. Zurzeit laufen die Planungen für einen eigenen Campus, der auf dem bundeseigenen Grundstück in Bad Godesberg-Nord an der Ludwig-Erhard-Allee nahe dem BMU erstellt werden soll. Neben dem Bürogebäude entstehen auch ein Konferenzbau und ein Betriebsrestaurant. Städtebaulich prägend wird dabei der rund 70 Meter hoher Büroturm sein. Der Campus soll bis 2026 fertig gestellt sein.