Η εταιρεία έχει θέσει ως στόχο την προώθηση της μελέτης της Μογγολίας, του πολιτισμού και της ιστορίας της, την επέκταση της αμοιβαίας κατανόησης μεταξύ των δύο λαών και την εμβάθυνση των προσωπικών σχέσεων. Από την ίδρυσή της, το 1973, η Γερμανο-Μογγολική Εταιρεία -η οποία έκτοτε μετονομάστηκε- έχει αφιερωθεί κυρίως στη διατήρηση και προώθηση των πολιτιστικών και ακαδημαϊκών σχέσεων με τους Μογγόλους. Αυτό περιλαμβάνει επίσης τη μετάδοση επιστημονικά αποδεδειγμένων γνώσεων σχετικά με τις περιοχές της Κεντρικής Ασίας, της Ρωσίας και της Κίνας στις οποίες ζουν οι Μογγόλοι.

Κατά τη διάρκεια του ανοίγματος της άλλοτε σοσιαλιστικής Λαϊκής Δημοκρατίας της Μογγολίας στη δημοκρατία και την οικονομία της αγοράς, καθώς και στον διεθνή τουρισμό, ο οργανισμός διεύρυνε τους στόχους του για να συμπεριλάβει πολιτικές, κοινωνικές και ανθρωπιστικές επαφές. Στις αρχές της δεκαετίας του 1990, ξεκίνησε επίσης και επέβλεψε τη διανομή ιατρικών προμηθειών, κινητών οδοντιατρικών θεραπευτικών κέντρων και άλλων ειδών αρωγής.