Teilbereiche des Rodderbergs sind bereits seit 1927 als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Der Rodderberg ist durch den Landschaftsplans Kottenforst als Naturschutzgebiet festgesetzt, der am 27. Februar 2013 Rechtskraft erlangte. Das Gebiet hat eine Gesamtgröße von ungefähr 70 Hektar und erstreckt sich über das Gebiet der Stadt Bonn und des Rhein-Sieg-Kreises; weitere Flächenanteile befinden sich auf dem Gebiet des Kreises Ahrweiler in Rheinland-Pfalz.

Neben der geologischen Bedeutung ist das Naturschutzgebiet von hohem Wert für die Tier- und Pflanzenwelt. Im Gebiet konnten zahlreiche gefährdete und gut ausgeprägte Pflanzengesellschaften nachgewiesen werden, die unter anderem an die extremen Bedingungen vulkanischer Substrate angepasst sind. Zur Gewährleistung eines umfassenden Schutzes des vulkanischen Gesamtkomplexes wurden sämtliche Bereiche in die Naturschutzgebietsausweisung aufgenommen. Somit wurden auch die von einem Reiterhof genutzten Flächen einbezogen.

Da im Gebiet gut ausgebildete FFH-relevante Lebensraumtypen wie Trespen-Schwingel Kalktrockenrasen, Glatthaferwiesen und Silikatfelsen mit Pioniervegetation vorkommen, wurden Teilbereiche des Rodderberges als FFH-Gebiet nach Brüssel gemeldet. Mit der Fortschreibung 2005 wurde die Verordnung um die FFH-Aspekte ergänzt.