Nach dem Wasserhaushaltsgesetz sind alle Gewässer in einem guten Zustand zu erhalten oder dahin zu entwickeln. Dies ist auch das Kernziel der EG-Wasserrahmenrichtlinie. Für die Bewertung eines Gewässers sind die wesentlichen biologischen und chemischen Parameter entscheidend. Defizite bestehen hauptsächlich bei den strukturellen und physikalischen Merkmalen. In die Wasserrahmenrichtlinie sind auch Schutzgebiete einbezogen, die entweder dem Schutz der Gewässer selbst oder zum Erhalt wasserabhängiger Lebensräume und Arten dienen.

Anlagen umfassen alle baulichen Anlagen und Maßnahmen, die Einfluss auf den Abfluss des Gewässers haben können. Bepflanzungen und Erdaufschüttungen können darunter fallen und bedürfen einer wasserrechtlichen Genehmigung durch die UWB. Bauliche Anlagen dürfen in der Regel in einem fünf Meter breiten Gewässerrandstreifen von der Uferböschungsoberkante eines Gewässers nicht errichtet werden.

Falsche Lagerungen von Stoffen (zum Beispiel Grünschnitt, Komposthaufen) am Gewässer können unter anderem durch Hochwasserereignisse zu Verunreinigungen und dadurch nachteiligen Veränderungen im Gewässer führen.

Auch die Benutzung von Gewässern ohne wasserrechtliche Erlaubnis oder die Errichtung von Anlagen in, an, über und unter oberirdischen Gewässern ohne wasserrechtliche Genehmigung stellen Verstöße gegen das Wasserrecht dar, die mit Bußgeldern geahndet werden können.

Für Gewässerbenutzungen ist die vorherige Beantragung einer wasserrechtlichen Erlaubnis erforderlich. Unter Gewässerbenutzungen versteht man unter anderem Einleitungen, Wasserentnahmen, Aufstau und Entnahme fester Stoffe.

Der 1989 vom Stadtrat beschlossene Bachentwicklungsplan (BEP) enthält für jeden der 47 Bäche eine Beschreibung der charakteristischen Merkmale wie Ufergestaltung und Ufernutzung, Bachsohlenausformung sowie Entwicklungsmaßnahmen.

Die wichtigsten Ziele des Bachentwicklungsplans sind die Offenlegung und die naturnahe Gestaltung von Bachläufen sowie die Bachbegrünung. Darüber hinaus werden für einige Bäche Gewässerschutzstreifen (Pufferzonen) zu angrenzenden landwirtschaftlich genutzten Flächen empfohlen.

Die Hauptaufgabe des Bachentwicklungsplans besteht darin, die ökologischen und wertvollen Bachbereiche im Bonner Stadtgebiet umfassend zu sichern. Dabei beschränken sich die konkreten Schutzmaßnahmen nicht nur auf den Bachkörper, sondern beziehen auch die begleitende Aue mit ein.

Durch die Renaturierung von Bächen soll ein Gewässerzustand erreicht werden, der sich ohne Einwirken des Menschen auf natürliche Weise entwickelt hätte. Dieser Zustand ist in sogenannten Leitbildern dokumentiert.

Aufgabe eines naturnahen Gewässerausbaus und einer naturnahen Unterhaltung ist es, die menschlichen Anforderungen an das Gewässer bei einer möglichst geringen Belastung des Ökosystem sicherzustellen. Maßnahmen dieser Art sind in der „Richtlinie für naturnahen Ausbau und Unterhaltung von Fließgewässern in Nordrhein-Westfalen“ ( Blaue Richtlinie (Öffnet in einem neuen Tab)) beschrieben.