يعتبر التخلص من مياه الصرف الصحي في المدينة خدمة عامة أساسية للسكان والشركات المحلية والمرافق الأخرى. يعود تاريخ تطور التخلص من مياه الصرف الصحي في بون إلى القرن الثامن عشر.

تم وضع مفهوم التخلص من مياه الصرف الصحي لمدينة بون الفيدرالية لأول مرة في عام 1985 وتم تحديثه للمرة السادسة في 1 يناير 2018. وهو يحتوي على جميع تدابير إنشاء المجاري وتجديد محطات معالجة مياه الصرف الصحي للسنوات الست التالية.