Schon 1886 konstituierte sich ein Verein historisch interessierter Bürger unter dem Namen „Bonnensia“ mit dem Ziel, durch Ankäufe eine Sammlung zusammenzutragen, die zur Einrichtung eines Stadtmuseums durch die Stadt Bonn führen sollte. Dieser Wunsch ging erst mit der Eröffnung des Stadtmuseums am 15. Januar 1998 in Erfüllung.

Im Jahr 1882 war der Stadt per Vermächtnis die Kunstsammlung des Bonner Medizinprofessors Dr. Franz Obernier samt Villa und einem Barvermögen in Höhe von 130.000 Mark übereignet worden, aus deren Zinsen die Villa Obernier als städtisches Museum unterhalten werden sollte. Obwohl die Villa als Städtisches Museum „Villa Obernier“ 1884 der Öffentlichkeit zugänglich gemacht wurde, konnte man sich – mangels professioneller Leitung – zu keinem Konzept durchringen. Genauso wenig sollte die begonnene Sammeltätigkeit des 1886 gegründeten Museumsvereins „Bonnensia“, die sich hauptsächlich auf Zeugnisse der kurfürstlichen Zeit richtete, in den Räumen der Villa Obernier außer einem kleinen Magazinraum eine Heimstatt finden.

Der Bonner Verein, dessen Nachfolger der Bonner Heimat- und Geschichtsverein ist, stand damals keineswegs allein. Im ausgehenden 19. Jahrhundert kam es in vielen deutschen Städten zu Vereinsgründungen mit demselben Zweck, der zum Teil – z. B. in Köln oder München – nur viel früher erreicht wurde. In Bonn gab es immer wieder vielversprechende Anläufe, so sollte unter anderem noch vor dem Krieg der später zerstörte Boeselager Hof und nach dem Krieg das ehemaligen Fürstenbergische Palais am Münsterplatz Standort des Stadtmuseums werden. Dass es nie dazu kam, hatte vor allem finanzielle Gründe. Als es nach dem Krieg tatsächlich zu einem hauptamtlich geleiteten Städtischen Museum kam, gab man neben der Sammlung Rheinischer Expressionismus vor allem der neuen Gegenwartskunst in Deutschland konzeptionellen Vorrang.

In Bonn gab es nur das schon 1819 gegründete Akademische Kunstmuseum und das „Königliche Museum Vaterländischer Alterthümer der Rheinlande und Westphalens“, das durch die Gründung des „Vereins von Alterthumsfreunden im Rheinlande“ neuen Schwung bekam, der letztendlich auch für die Ansiedlung des „Rheinischen Provinzialmuseums“ in Bonn entscheidend war, das 1889 unter Übernahme der Vereinssammlungen eröffnet wurde.
 
Schenkung des Bonner Heimat- und Geschichtsvereins
Geringe Geneigtheit und finanzielle Probleme ließen ein entsprechendes Vorgehen der Stadt hinsichtlich der heimatgeschichtlichen Sammlung des Museumsvereins „Bonnensia“, der bald darauf in „Alt-Bonn“ umbenannt wurde, und heute als „Bonner Heimat- und Geschichtsverein“ immer noch vitalen Anteil am Stadtgeschehen nimmt, nicht zu.

Nach Auslagerung der Sammlungsbestände des Vereins in den späten 30er-Jahren nach Köln, wo sie in das projektierte „Haus der Rheinischen Heimat“ integriert werden sollten, Kriegsverlusten und Rückführung in den Nachkriegsjahren nach Bonn, entschloss sich der Verein am 22. Januar 1957 die Sammlung der Stadt Bonn zu schenken, natürlich mit der Bestimmung, sie so bald wie möglich in einem Historischen Stadtmuseum der Öffentlichkeit zugänglich zu machen.

Seit 1947 gab es ein Städtisches Museum unter professioneller Leitung, das sein Domizil in einem umgebauten Bürotrakt in der Rathausgasse 7 gefunden hatte, da die Villa Obernier im Krieg zerstört worden war.

Doch obwohl die ersten Direktoren sich noch von den Sammlungsschwerpunkten
1. Rheinischer Expressionismus,
2. Ergänzung der Sammlung Oberniers und Alt-Bonn und
3. Anlage einer Sammlung deutscher Kunst
nach 1945 leiten ließen, war bald klar, dass die historische Sammlung der Neukonzeption im Wege stand, weshalb sie bald wieder ein „Bunker-Dasein“ fristete.

Sowohl in den 1960er und 1970er Jahren machte sich deshalb der Bonner Heimat- und Geschichtsverein weiterhin für die Gründung eines Stadtmuseums stark. Die anlässlich seines 100. Jubiläums vom Verein veranstaltete große Ausstellung im Landesmuseum „Bonn zur Kaiserzeit“ hatte so großen Erfolg, dass sich im gleichen Jahr auch der „Förderverein Historisches Stadtmuseum“ gründete.

Ratsbeschluss zur Einrichtung eines Historischen Stadtmuseums
Diesmal schien die Ausgangslage günstig: Bonn bereitete sich auf seine 2000-Jahr-Feier vor. Im Jahr der 2000-Jahr-Feier wurde der Ratsbeschluss zur Einrichtung eines Historischen Stadtmuseums unter Übernahme der alten Bestände getroffen.

Doch der Bundestagsbeschluss mit der Entscheidung für Berlin als neue Bundeshauptstadt im Jahre 1991 schien wieder alles ins Wanken zu bringen, doch das Engagement der beiden aufeinanderfolgenden Stadtoberhäupter – Oberbürgermeister Dr. Hans Daniels und Oberbürgermeisterin Bärbel Dieckmann – war so groß und nachhaltig, dass man an der Realisierung festhielt.

Von eigener Seite aus wusste sich das Stadtmuseum neben den langwierigen und mühsamen Bestandserfassungen vor allem mit Sonderausstellungen ins Bewusstsein der Öffentlichkeit zu bringen. Diese wurden im Ernst-Moritz-Arndt-Haus ausgerichtet, das seit 1991 als Dependance zum Stadtmuseum gehört, und auch weiterhin die kunst- und kulturhistorischen Ausstellungen des Stadtmuseums speziell zu Themen des 19. Jahrhunderts aufnehmen wird.

Mit der Eröffnung der Dauerausstellung am 14. und 15. Januar 1998 im ehemaligen Sauna- und Reinigungstrakt des Viktoriabades bezieht das Stadtmuseum Bonn einen Standort innerhalb der alten Stadtmauern der Stadt, unmittelbar vis à vis von der alten Residenz der Kurfürsten, der heutigen Universität, was auch dem Sammlungsschwerpunkt – die kurfürstliche Zeit im 18. Jahrhundert – insofern zu Gute kommt, da die entsprechenden Räume den Blick auf die Außenfassade der Universität freigeben.