Zu den Kernaufgaben des Stadtarchivs Bonn zählt die dauerhafte Sicherung von Schrift- und Sammlungsgut der Stadtverwaltung und anderer städtischer Einrichtungen (zum Beispiel Schulen).
Die Überlieferung der städtischen Akten beginnt, von wenigen Ausnahmen abgesehen, mit dem Jahr 1689 und enthält neben dem Schriftgut des Alten Archivs bis 1815 (Kurfürstliche und Französische Zeit) die Überlieferung der einzelnen städtischen Ämter vor und nach 1945/46 (Preußische und Nordrhein-Westfälische Zeit), insbesondere auch aus der Zeit Bonns als Bundeshauptstadt. Das städtische Archivgut umfasst überdies die Überlieferung der 1969 eingemeindeten Stadtteile Bad Godesberg, Beuel, Duisdorf, Hoholz/Holzlar und Oberkassel, daneben Sonderbestände wie etwa die Protokolle der städtischen Gremien.