Schon 1886 konstituierte sich ein Verein historisch interessierter Bürger unter dem Namen „Bonnensia“ mit dem Ziel, durch Ankäufe eine Sammlung zusammenzutragen, die zur Einrichtung eines Stadtmuseums durch die Stadt Bonn führen sollte. Nach Auslagerung der Sammlungsbestände des Vereins in den späten 30er Jahren nach Köln, wo sie in das projektierte "Haus der Rheinischen Heimat" integriert werden sollten, Kriegsverlusten und Rückführung in den Nachkriegsjahren nach Bonn, entschloss sich der Verein am 22. Januar 1957, die Sammlung der Stadt Bonn zu schenken.
Der Bonner Verein, dessen Nachfolger der Bonner Heimat- und Geschichtsverein ist, machte sich in den 60er und 70er Jahren weiterhin für die Gründung eines Stadtmuseums stark. 1989 kam es zum entscheidenden Schritt: im Jahr der 2000-Jahr-Feier der Stadt Bonn wurde der Ratsbeschluss zur Einrichtung eines Historischen Stadtmuseums unter Übernahme der alten Bestände getroffen. Die Eröffnung fand am 14. Januar 1998 unter der Leitung von Dr. Ingrid Bodsch statt.
Geplante Neukonzeption des Stadtmuseums
25 Jahre nach der Eröffnung der Ausstellung in der Franziskanerstraße 9 befindet sich das Stadtmuseum im Prozess der Neukonzeption. Das Museum bekommt an einem neuen Standort eine neue zeitgemäße Ausstellung. Unter der Leitung von Dr. Philipp Hoffmann, der nach der Übernahme des Zentrums für Stadtgeschichte und Erinnerungskultur die Leitung an Yvonne Katzy weitergegeben hat, wurde im März 2022 der Beteiligungsraum Studio_bnx in der Franziskanerstraße 3 eröffnet. Hier können Interessierte das neue Stadtmuseum mitgestalten. Es werden Erzählungen, Erinnerungen und Wünsche der Bürger*innen gesammelt.
Im Dezember 2022 beauftragte die Verwaltung eine Machbarkeitsstudie für einen neuen Standort in der Rathausgasse 7 (Altes Kunstmuseum). „Unser Ziel ist eine konsequente Weiterentwicklung für ein Stadtmuseum der Zukunft. Die historische Sammlung und die Stadtgeschichte soll attraktiv, niederschwellig und modern vermittelt werden und Menschen generationsübergreifend für ihre Stadt begeistern“, so Katzy.
Mit vielen weiteren Projekten und Kooperationen – wie die App CityStories in Kooperation mit dem Fringe Ensemble, der Sonderausstellung „Spurensuche: Pitt Müller und das vergessene Bonn“ oder Lastenradaktionen, die das Museum zu den Menschen in den Stadtteilen bringt – schlägt das Team des Stadtmuseums neue Wege ein. Aber auch altbekanntes, wie die beliebten Kostümführungen durch die Ausstellung, werden weiterhin angeboten.